Может ли быть такое, что не вся информация из Excel-формы передаётся в XML-документ?

Да, возможно, что не вся информация из Excel-формы документа передаётся в XML-документ, просто потому что она не предусмотрена в соответствующем электронном формате. Это в бОльшей мере касается документов для ЭДО.

В частности, в электронный XML-документ не передаётся информация:

• О втором ответственном сотруднике (главном бухгалтере) - для электронного документа требуется только одна подпись, и поэтому передаётся информация только по одному подписанту (в отличие, например, от печатной формы счёта-фактуры, где требуются 2 подписи - руководителя и главного бухгалтера).
• О заранее неизвестных деталях по покупателю, например конкретном подписанте со стороны покупателя ("Груз принял ...", Груз получил ...", "Ответственный за правильность оформления факта хозяйственной жизни ...") - на момент отправки электронного документа через оператора ЭДО неизвестно, какой сотрудник покупателя поставит в нём свою электронную подпись (по сути распишется в нём, если всё это было бы на бумаге).
• Об элементах форматирования типа подитогов по листам, итогов по листам и номерам "Документ составлен на ... листах", "Приложение на ... листах", "содержит ... порядковых номеров", "всего мест ..." и т.п.
• О дополнительных редко используемых реквизитах организации, например "Вид деятельности по ОКДП".